Procurando uma inovação para o sistema de jogo convencional do Naruto a Konoha New Stories inova a jogabilidade do fórum. A solução encontrada foi buscar a raiz do anime Naruto, que é onde os principais personagens, como Naruto, Sasuke e Sakura estão se formando na academia shinobi para se tornarem Gennins.

Além de voltar no tempo e buscar o início da série, a Staff vai administrar algumas contas como NPC’s, entre elas os personagens Uzumaki Naruto, Uchiha Sasuke, Haruno Sakura, Hatake Kakashi e o Sandaime Hokage. O motivo da staff trabalhar com estes personagens em jogo é uma nova linha de pensamento para motivação dos players; Eles terão a chance de estar, como personagens criados, ao lado dos principais personagens reais do anime.

E não é apenas isso, o resultado destas interações será a escrita de uma nova história para a série de anime Naruto, pois, conforme a interação de vocês, players, cada detalhe da série pode ser editado; Desde a morte do Sandaime Hokage como a saída de Uchiha Sasuke da vila. Lembrem-se, vocês players vão montar uma Nova história para o anime, por isso a interação de vocês com os personagens deve ser intensa.